Phyre 2 Results for RVBD1004c_(-)_1120893

Email	mdejesus@rockefeller.edu
Description	RVBD1004c_(-)_1120893_1122152
Date	Wed Jul 31 22:05:07 BST 2019
Unique Job ID	307ace0cb8597296
Sequence	VSISCRVREG ... Download FASTA
Job Type	normal
Job Expiry

Summary

Top model

Image coloured by rainbow N → C terminus

Model dimensions (Å):

X:17.172 Y:18.518 Z:16.571

Model (left) based on template d1v6ta_

Top template information

Fold:7-stranded beta/alpha barrel
Superfamily:Glycoside hydrolase/deacetylase
Family:LamB/YcsF-like

Confidence and coverage

Confidence:

7.8%

Coverage:

11 residues ( 3% of your sequence) have been modelled with 7.8% confidence by the single highest scoring template.

You may wish to submit your sequence to Phyrealarm. This will automatically scan your sequence every week for new potential templates as they appear in the Phyre2 library.

Please note: You must be registered and logged in to use Phyrealarm.

Warning: 97% of your sequence is predicted disordered. Disordered regions cannot be meaningfully predicted.

3D viewing

Interactive 3D view in JSmol

For other options to view your downloaded structure offline see the FAQ

Sequence analysis

Download FASTA version

Secondary structure and disorder prediction [Show]

1 . . . . . . . . 10 . . . . . . . . . 20 . . . . . . . . . 30 . . . . . . . . . 40 . . . . . . . . . 50 . . . . . . . . . 60

Sequence V S I S C R V R E G F V M R L A I V G T A A A A A I G G T L A V A P L T L S T P E R V A G G T C S A G Q Q C D R L A A V

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ?
? ?
?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 70 . . . . . . . . . 80 . . . . . . . . . 90 . . . . . . . . . 100 . . . . . . . . . 110 . . . . . . . . . 120

Sequence L M P D T A T P S G P A A A E H A V P A P F E P V A D T I A P G L V P R P G V P A A A A V P R V G P P A V P G L P N I P

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 130 . . . . . . . . . 140 . . . . . . . . . 150 . . . . . . . . . 160 . . . . . . . . . 170 . . . . . . . . . 180

Sequence G A A G P A L P P P P A L P N L A A P S V P G V G I P G I G I P G I G I P G I G I P G V P D P I T G V N T A A A V V N G

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 190 . . . . . . . . . 200 . . . . . . . . . 210 . . . . . . . . . 220 . . . . . . . . . 230 . . . . . . . . . 240

Sequence V L G V G G T A A G V V T A S A V A V T Y L V L A V N A L E S S G I L P T A R G T A S T V A S L L L P G A Q S A A A A L

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 250 . . . . . . . . . 260 . . . . . . . . . 270 . . . . . . . . . 280 . . . . . . . . . 290 . . . . . . . . . 300

Sequence P A V G L P A L P G V T P A S L L A M A A A A G L P G V G F P S L P G V S P T D L M A M A A A A G L P T S L P G L A G M

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 310 . . . . . . . . . 320 . . . . . . . . . 330 . . . . . . . . . 340 . . . . . . . . . 350 . . . . . . . . . 360

Sequence S P A E L T A L V A G G L P M L A A A G L P A G L A G V D P A T L A A A L P A L A A G G L P P G L P A L P G V D P A A L

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 370 . . . . . . . . . 380 . . . . . . . . . 390 . . . . . . . . . 400 . . . . . . . . . 410 . . . . . . . . .

Sequence A A A L P A L A A G L P A L P A G L P P L P A V P A L P A P P P L P G P P P L P A L P S R L C T P G F G P I G V C I P

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

Confidence Key
High(9) Low (0)

? Disordered ( 97%)

Alpha helix ( 2%)

Beta strand ( 5%)

Domain analysis [Show]

PDB 1v6t chain A

PDB 2x5e chain A

PDB 1oey chain J