Phyre 2 Results for RVBD1450c_(PE_PGRS27)_1630644

Email	mdejesus@rockefeller.edu
Description	RVBD1450c_(PE_PGRS27)_1630644_1634633
Date	Fri Aug 2 13:30:02 BST 2019
Unique Job ID	a7e11fe1aed2379a
Sequence	MSLVIVAPET ... Download FASTA
Job Type	normal
Job Expiry

Summary

Top model

Image coloured by rainbow N → C terminus

Model dimensions (Å):

X:54.766 Y:45.301 Z:3005.549

Model (left) based on template c1ygvA_

Top template information

PDB header:structural protein/contractile protein
Chain: A: PDB Molecule:collagen i alpha 1;
PDBTitle: the structure of collagen type i. single type i collagen2 molecule: rigid refinment

Confidence and coverage

Confidence:

100.0%

Coverage:

69%

911 residues ( 69% of your sequence) have been modelled with 100.0% confidence by the single highest scoring template.

Additional confident templates have been detected (see Domain analysis) which cover other regions of your sequence.

1244 residues ( 94%) could be modelled at >90% confidence using multiple-templates.

You may wish to try resubmitting your sequence in "intensive" mode to model more of your sequence.

Warning: 94% of your sequence is predicted disordered. Disordered regions cannot be meaningfully predicted.

3D viewing

Interactive 3D view in JSmol

For other options to view your downloaded structure offline see the FAQ

Sequence analysis

Download FASTA version

Secondary structure and disorder prediction [Show]

1 . . . . . . . . 10 . . . . . . . . . 20 . . . . . . . . . 30 . . . . . . . . . 40 . . . . . . . . . 50 . . . . . . . . . 60

Sequence M S L V I V A P E T V A A A A L D V A R I G S S I G A A N A A A A G S T T S V L A A G A D E V S A A I A T L F G S H A R

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ?
? ?
?
? ? ? ?
?
?
?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 70 . . . . . . . . . 80 . . . . . . . . . 90 . . . . . . . . . 100 . . . . . . . . . 110 . . . . . . . . . 120

Sequence E Y Q A I S T Q V A A F H D R F A Q T L S A A V G S Y V S A E A T N A A P L A T L E H N V L N A L N A P T Q A L L G R P

Secondary structure

SS confidence

Disorder
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
?
?
? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 130 . . . . . . . . . 140 . . . . . . . . . 150 . . . . . . . . . 160 . . . . . . . . . 170 . . . . . . . . . 180

Sequence L I G D G A A G A P G T G Q A G G A G G I L W G N G G A G G S G A P G Q V G G A G G A A G L F G T G G A G G A G G A G A

Secondary structure

SS confidence

Disorder
?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 190 . . . . . . . . . 200 . . . . . . . . . 210 . . . . . . . . . 220 . . . . . . . . . 230 . . . . . . . . . 240

Sequence A G G A G G S G G W L L G N G G V G G A G G Q S L L G G A T G G A G G N A G L F G V G G T G G P G G P G G P G G V G G T

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 250 . . . . . . . . . 260 . . . . . . . . . 270 . . . . . . . . . 280 . . . . . . . . . 290 . . . . . . . . . 300

Sequence G G A G G L G G T L Y G A G G H G G A G G P G P I G G V G G H G G V G G A A G L L G V G G H G G A G G H G A E G V A G A

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 310 . . . . . . . . . 320 . . . . . . . . . 330 . . . . . . . . . 340 . . . . . . . . . 350 . . . . . . . . . 360

Sequence A G E D L S P H G T S G G V G G D A G D G G T G G R G G W L A G A G G A G G A G G V G G T G G A G G A G F S R A L I V A

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 370 . . . . . . . . . 380 . . . . . . . . . 390 . . . . . . . . . 400 . . . . . . . . . 410 . . . . . . . . . 420

Sequence G D N G G D P G A G G A G G T G G A G S T I G A H G A A G A S P T S G G N G G A G G N G A H F S S G G K A G G N G G A G

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 430 . . . . . . . . . 440 . . . . . . . . . 450 . . . . . . . . . 460 . . . . . . . . . 470 . . . . . . . . . 480

Sequence G A G G L V G N G G A G G A G G N G A P G A P P S G G D P N G G G G G A G G A G G K G G D G G A Q A G D G G A G G A G G

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 490 . . . . . . . . . 500 . . . . . . . . . 510 . . . . . . . . . 520 . . . . . . . . . 530 . . . . . . . . . 540

Sequence K G G N G G N G A T G A T G L N G L G A G A D G T D G G K G G N G G A G G G G G A G G Q G G K A L A A T H Q D G S M G A

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 550 . . . . . . . . . 560 . . . . . . . . . 570 . . . . . . . . . 580 . . . . . . . . . 590 . . . . . . . . . 600

Sequence G G A G G N G G A G G M G G D G G N G A K G T F D N G G D G V G G N G G N G G S R G I G G A G G I G G A G S T A G A D G

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 610 . . . . . . . . . 620 . . . . . . . . . 630 . . . . . . . . . 640 . . . . . . . . . 650 . . . . . . . . . 660

Sequence A R G A T P T S G G N G G T G G N G A N A T V A G G A G G A G G K G G N G G L V G N G G A G G K G G D G M A G V A G S S

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 670 . . . . . . . . . 680 . . . . . . . . . 690 . . . . . . . . . 700 . . . . . . . . . 710 . . . . . . . . . 720

Sequence P T T A G E S G T S G Q N G G A G G A G G A G G R G G D F G G D G G T G G A G G N G A N G A N A T T P G A K G G D G G H

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 730 . . . . . . . . . 740 . . . . . . . . . 750 . . . . . . . . . 760 . . . . . . . . . 770 . . . . . . . . . 780

Sequence G G P G A Q G G N G G Q G G P G G L A G N L F G Q N G I Q G V G G S G G K G G A G G L A G D G G N G A N G N F A F G D G

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 790 . . . . . . . . . 800 . . . . . . . . . 810 . . . . . . . . . 820 . . . . . . . . . 830 . . . . . . . . . 840

Sequence N G G H G G N G G N P G A G G Q G G S G G A G S T P G A K G A H G F T P T S G G D G G D G G N G G N S Q V V G G N G G D

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 850 . . . . . . . . . 860 . . . . . . . . . 870 . . . . . . . . . 880 . . . . . . . . . 890 . . . . . . . . . 900

Sequence G G N G G N G G S A G T G G N G G R G G D G A F G G M S A N A T N P G E N G P N G N P G G N G G A G G A G G A G L N G G

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 910 . . . . . . . . . 920 . . . . . . . . . 930 . . . . . . . . . 940 . . . . . . . . . 950 . . . . . . . . . 960

Sequence N G G A G G N G G L G G F G G N G A A G A N G V A V G A P G Q P G G A G G H G G A G G N G G A G G N G G Q G V V S D G A

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 970 . . . . . . . . . 980 . . . . . . . . . 990 . . . . . . . . . 1000 . . . . . . . . . 1010 . . . . . . . . . 1020

Sequence G G A G G A G G D G G A P G D G A N G G N G Q G A G A F A G G G G G R G G D G G N A G N A G A G G P G G T G S T A G K A

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1030 . . . . . . . . . 1040 . . . . . . . . . 1050 . . . . . . . . . 1060 . . . . . . . . . 1070 . . . . . . . . . 1080

Sequence G P A G S I L H D G G N G G H G G H G A A S G G N G G P G G H G G N G G N G G T G A N G G N G G I G G T G G A G S T G A

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1090 . . . . . . . . . 1100 . . . . . . . . . 1110 . . . . . . . . . 1120 . . . . . . . . . 1130 . . . . . . . . . 1140

Sequence K G V L G T N E G D G G D G G R G G N G G R G G N G G Q G L T G A G G N G G T G G T P G N G G N G G N G A S G D L V T S

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1150 . . . . . . . . . 1160 . . . . . . . . . 1170 . . . . . . . . . 1180 . . . . . . . . . 1190 . . . . . . . . . 1200

Sequence P G D G G G G G R G G D A G R G G D A G L G G S S G P G G T P G D W G T G G T G G T G G T G G Q G A N G G L T G G R G G

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1210 . . . . . . . . . 1220 . . . . . . . . . 1230 . . . . . . . . . 1240 . . . . . . . . . 1250 . . . . . . . . . 1260

Sequence T G G N G G N G N T G G T G G A G G T G G T G H N G S Q P G M G G N G G A G G F G G N G F A G V G G R G G M G G S G G T

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . . 1270 . . . . . . . . . 1280 . . . . . . . . . 1290 . . . . . . . . . 1300 . . . . . . . . . 1310 . . . . . . . . . 1320

Sequence G G T G D A G P F G T G T G G T G G H G G Q G G G G G F S I L L G L G G L G G L G S P G S I A T G T A G G A G G G G G F

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

. . . . . . . . .

Sequence G G L G G G E F V

Secondary structure

SS confidence

Disorder ? ? ? ? ? ? ? ? ?

Disorder confidence

Confidence Key
High(9) Low (0)

? Disordered ( 94%)

Alpha helix ( 6%)

Beta strand ( 0%)

Domain analysis [Show]

Rank Aligned region

PDB 1ygv chain A

3D model

Region: 355 - 1328
Aligned: 911
Modelled: 913
Confidence: 100.0%
Identity: 28%
PDB header:structural protein/contractile protein
Chain: A: PDB Molecule:collagen i alpha 1;
PDBTitle: the structure of collagen type i. single type i collagen2 molecule: rigid refinment

Phyre2

PDB 1y0f chain B

3D model

Region: 197 - 1249
Aligned: 919
Modelled: 934
Confidence: 100.0%
Identity: 33%
PDB header:structural protein/contractile protein
Chain: B: PDB Molecule:collagen i alpha 2;
PDBTitle: the structure of collagen type i. single type i collagen2 molecule

Phyre2

PDB 3hqv chain B

3D model

Region: 216 - 1224
Aligned: 941
Modelled: 958
Confidence: 100.0%
Identity: 27%
PDB header:structural protein, contractile protein
Chain: B: PDB Molecule:collagen alpha-2(i) chain;
PDBTitle: low resolution, molecular envelope structure of type i2 collagen in situ determined by fiber diffraction. single3 type i collagen molecule, rigid body refinement

Phyre2

PDB 2g38 chain A

3D model

Region: 8 - 82
Aligned: 75
Modelled: 75
Confidence: 98.6%
Identity: 33%
PDB header:structural genomics, unknown function
Chain: A: PDB Molecule:pe family protein;
PDBTitle: a pe/ppe protein complex from mycobacterium tuberculosis

Phyre2

PDB 2g38 chain A domain 1

3D model

Region: 8 - 82
Aligned: 75
Modelled: 75
Confidence: 98.6%
Identity: 33%
Fold: Ferritin-like
Superfamily: PE/PPE dimer-like
Family: PE

Phyre2

PDB 5xfs chain A

Region: 8 - 82
Aligned: 75
Modelled: 75
Confidence: 98.6%
Identity: 44%
PDB header:protein transport
Chain: A: PDB Molecule:pe family protein pe8;
PDBTitle: crystal structure of pe8-ppe15 in complex with espg5 from m.2 tuberculosis

Phyre2

PDB 2zj6 chain A

3D model

Region: 1056 - 1246
Aligned: 191
Modelled: 191
Confidence: 97.9%
Identity: 18%
PDB header:hydrolase
Chain: A: PDB Molecule:lipase;
PDBTitle: crystal structure of d337a mutant of pseudomonas sp. mis38 lipase

Phyre2

PDB 2qub chain G

Region: 1040 - 1246
Aligned: 207
Modelled: 207
Confidence: 97.8%
Identity: 16%
PDB header:hydrolase
Chain: G: PDB Molecule:extracellular lipase;
PDBTitle: crystal structure of extracellular lipase lipa from serratia2 marcescens

Phyre2

PDB 2ml3 chain A

3D model

Region: 1066 - 1231
Aligned: 165
Modelled: 166
Confidence: 96.9%
Identity: 16%
PDB header:isomerase
Chain: A: PDB Molecule:poly(beta-d-mannuronate) c5 epimerase 6;
PDBTitle: solution structure of alge6r3 subunit from the azotobacter vinelandii2 mannuronan c5-epimerase

Phyre2

PDB 3bog chain B

3D model

Region: 1186 - 1264
Aligned: 78
Modelled: 79
Confidence: 96.9%
Identity: 37%
PDB header:antifreeze protein
Chain: B: PDB Molecule:6.5 kda glycine-rich antifreeze protein;
PDBTitle: snow flea antifreeze protein quasi-racemate

Phyre2

PDB 3bog chain A

3D model

Region: 1186 - 1264
Aligned: 78
Modelled: 79
Confidence: 96.9%
Identity: 37%
PDB header:antifreeze protein
Chain: A: PDB Molecule:6.5 kda glycine-rich antifreeze protein;
PDBTitle: snow flea antifreeze protein quasi-racemate

Phyre2

PDB 2pne chain A

3D model

Region: 1183 - 1261
Aligned: 79
Modelled: 79
Confidence: 96.6%
Identity: 37%
PDB header:antifreeze protein
Chain: A: PDB Molecule:6.5 kda glycine-rich antifreeze protein;
PDBTitle: crystal structure of the snow flea antifreeze protein

Phyre2

PDB 3boi chain B

3D model

Region: 1183 - 1261
Aligned: 79
Modelled: 79
Confidence: 96.6%
Identity: 37%
PDB header:antifreeze protein
Chain: B: PDB Molecule:6.5 kda glycine-rich antifreeze protein;
PDBTitle: snow flea antifreeze protein racemate

Phyre2

PDB 3boi chain A

3D model

Region: 1183 - 1261
Aligned: 79
Modelled: 79
Confidence: 96.6%
Identity: 37%
PDB header:antifreeze protein
Chain: A: PDB Molecule:6.5 kda glycine-rich antifreeze protein;
PDBTitle: snow flea antifreeze protein racemate

Phyre2

PDB 1sat chain A

3D model

Region: 1065 - 1213
Aligned: 148
Modelled: 149
Confidence: 96.0%
Identity: 17%
PDB header:hydrolase (serine protease)
Chain: A: PDB Molecule:serratia protease;
PDBTitle: crystal structure of the 50 kda metallo protease from s.2 marcescens

Phyre2

PDB 1kap chain P domain 1

3D model

Region: 1092 - 1225
Aligned: 134
Modelled: 134
Confidence: 95.9%
Identity: 17%
Fold: Single-stranded right-handed beta-helix
Superfamily: beta-Roll
Family: Serralysin-like metalloprotease, C-terminal domain

Phyre2

PDB 5ctd chain A

Region: 125 - 161
Aligned: 37
Modelled: 37
Confidence: 95.9%
Identity: 38%
PDB header:structural protein
Chain: A: PDB Molecule:collagen alpha-1(i) chain,collagen alpha-1(ix) chain;
PDBTitle: crystal structure of the type ix collagen nc2 hetero-trimerization2 domain with a guest fragment a2a1a1 of type i collagen

Phyre2

PDB 5ctd chain B

3D model

Region: 125 - 163
Aligned: 39
Modelled: 39
Confidence: 95.8%
Identity: 33%
PDB header:structural protein
Chain: B: PDB Molecule:collagen alpha-2(i) chain,collagen alpha-2(ix) chain;
PDBTitle: crystal structure of the type ix collagen nc2 hetero-trimerization2 domain with a guest fragment a2a1a1 of type i collagen

Phyre2

PDB 5cti chain C

3D model

Region: 125 - 161
Aligned: 37
Modelled: 37
Confidence: 95.8%
Identity: 35%
PDB header:structural protein
Chain: C: PDB Molecule:collagen alpha-1(i) chain,collagen alpha-3(ix) chain;
PDBTitle: crystal structure of the type ix collagen nc2 hetero-trimerization2 domain with a guest fragment a2a1a1 of type i collagen (native form)

Phyre2

PDB 1sat chain A domain 1

3D model

Region: 1080 - 1224
Aligned: 140
Modelled: 145
Confidence: 95.7%
Identity: 18%
Fold: Single-stranded right-handed beta-helix
Superfamily: beta-Roll
Family: Serralysin-like metalloprotease, C-terminal domain

Phyre2

1
c1ygvA_

2
c1y0fB_

3
c3hqvB_

4
c2g38A_

5
d2g38a1

6
c5xfsA_

7
c2zj6A_

8
c2qubG_

9
c2ml3A_

10
c3bogB_

11
c3bogA_

12
c2pneA_

13
c3boiB_

14
c3boiA_

15
c1satA_

16
d1kapp1

17
c5ctdA_

18
c5ctdB_

19
c5ctiC_

20
d1sata1

21

22

23

24

25

26

27

28

29

30

31

32

33

34

35

36

37

38

39

40

41

42

43

44

45

46

47

48

49

50

51

52

53

54

55

56

57

58

59

60

61

62

63

64

65

66

67

68

69

70

71

72

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